İzmir’in Yunanlılar tarafından işgal edildiği dönemde Ayvalık’a özel bir önem vermişlerdir. Cunda ve Ayvalık 29 Mayıs 1919 da Yunan ordusu tarafından işgal edilmiştir. İşgale 172. Alay Komutanı Kaymakam Ali Bey (Atatürk’ün Nutukta belirttiği Afyonkarahisar Mebusu Ali Çetinkaya) İstanbul hükümetinin kararını dinlemeyerek karşı koymuştur.

Yunan ordusu Anadolu’ya çıktıktan sonra ilk direnişle Ayvalık’ta karşılaşmış, Kurtuluş Savaşının ilk kurşunu Yarbay Ali Çetinkaya tarafından Ayvalık’ta atılmıştır. Bu çatışmada İnzibat Bölüğü komutanı Üsteğmen Fahri Bey şehit olmuştur. Günümüzde o çarpışmanın ve şehitlerin aziz hatırlarını edebileştirmek amacıyla kent meydanında Atatürk Anıtı Kompozisyonu içinde rölyef halinde “İlk Kurşun Anıtı” inşa edilmiştir. Üç buçuk yıl (39 ay 16 gün) düşman işgalinde kalan Ayvalık 15 Eylül 1922 yılında tekrar Türk egemenliğine girmiştir. Cunda Adasına Cumhuriyet döneminde Ali Çetinkaya’nın anısına Ali Bey Adası ismi verilmiştir.

Bu protokole göre “ 30 Ekim 1918 tarihli Mondros Mütarekesinden önce İstanbul Belediyesi sınırları içerisine yerleşmiş bulunan Rumlarla(Etabli), Batı Trakya’da yaşayan Türkler hariç, diğer yerlerde yaşayan Türk ve Rumlar karşılıklı olarak değiştirilecekti. Bu protokole göre Mübadelenin 1 Mayıs 1923 tarihinde başlayıp yedi ay içerisinde tamamlanması kararlaştırılmıştır. Ve tarihin ilk ve tek Mübadele uygulaması 1923–1924 yılları arasında tamamlanmıştır.http://www.ayvalikda.com/ayvaliktarihi.html